随后两会展开文书验证及挂号函件的事务性协商。邱进益和唐树备在1993年4月7日至11日的“邱唐会谈”中签下这两项协定，并对促成“辜(振甫)汪(道涵)会谈”达成几项共识。
1993年4月27日至29日，历史性的“辜汪会谈”在新加坡举行，两会签署4项协议，也就是公证书、挂号、两会联系及会谈共同协议。这是自从1949年海峡两岸分治以来，双方在官方授权下，民间机构最高负责人首度接触。此后，两会共进行了7次后续性事务协商及3次较高层级的“焦(仁和)唐(树备)会谈”。
1995年5月，大陆方面不满前总统李登辉应邀访问美国母校康奈尔大学，宣布中断两岸两会的协商。
不过两会随后在1998年4月恢复互动，同年10月14日至18日“辜汪会晤”在上海和北京举行，辜振甫分别和汪道涵、陈云林、钱其琛等人对话，达成恢复制度化协商、两会各层级人员加强交流等共识，同时海基会也邀请汪道涵回访并获得“在适当时机来台访问”的应允。两会随后就汪道涵访台一事两度磋商，双方原则确定汪道涵1999年秋天访台。
1999年7月，因李登辉在接受外国媒体专访时发表“两国论”，大陆再度中断海基会与海协会的联系与沟通，这一中断就停了9年有余。
两岸进入新阶段始于2008年，这时海基会董事长已由洪奇昌转为江丙坤，陈云林此时也出掌大陆海协会。
由于政治形势转变，促成两会谈判也趋于积极且内容更具实质性，2008年6月间在北京的第一次“江陈会谈”，很快就对包机、大陆人士来台观光两项议题获共识，也造就大三通的全面启动。
第二次江陈会2008年11月在台北召开，尽管发生抗议事端，但两会对空运、海运、邮政及食品安全四议题也签署协议。
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